Acht Stunden nach dem Ausbruch aus dem Fox-River-Gefängnis fliehen Scofield und Burrows vor ihren Verfolgern. Mit ihnen sind auch Fernando Sucre, John Abruzzi, Benjamin Miles „C-Note“ Franklin, Theodore „T-Bag“ Bagwell, David „Tweener“ Apolskis und Charles „Haywire“ Patoshik auf der Flucht. Kurz nach dem Ausbruch wird der Special Agent Alexander Mahone auf den Fall angesetzt, um die acht Flüchtigen zu fassen. Burrows' Entlastung wird dadurch verhindert, dass Veronica Donovan, kurz nach der Entdeckung Terrance Steadmans, erschossen wird. Die acht Ausbrecher teilen sich auf, jeder mit eigenen Zielen, alle jedoch mit dem selben Entschluss, nach Utah zu gelangen, um dort die 5 Millionen US-Dollar zu holen, die Charles Westmoreland dort versteckt hat. Währenddessen wird Burrows Sohn L. J. verhaftet und beschuldigt, seine Mutter und seinen Stiefvater getötet zu haben. Er wird in eine Jugendstrafanstalt in Arizona gebracht.